Entre 1673 y 1686 las representaciones de la Festa (Misteri d’Elx, obra coral en valenciano antiguo que se representa durante los días 14 y 15 de agosto de cada año en virtud de una bula papal otorgada por el Papa Urbano VIII) habían sufrido una notable alteración debido a su traslado a otro templo y a la precariedad económica. Se precisaba por tanto, un maestro de capilla hábil en la dirección e interpretación de la capilla para devolver a la Festa su antiguo esplendor. Navarro aseguraba una vinculación afectiva con la villa y con la capilla, donde se había desarrollado su infancia e iniciado su trayectoria musical, y fue nombrado en 1686 maestro de capilla de ésta para preparar la inauguración de la nave central del nuevo templo.

Edición discográfica de obras de Matías Navarro

En 1692 marcharía de nuevo a Orihuela dejando en su cargo de Elx a Mossèn Gregori Brufal. En 1696 empezó a ejercer como maestro de capilla en Orihuela, sucediendo a Gerónimo Comes (sobrino de Joan Baptista Comes) después de que éste muriera. Además de todas las obras compuestas por Navarro, en marzo de 1714 el cabildo le pedía que compusiera 'música par todos los instrumentos con el clavicordio' que poseía la catedral, y cuyo cuidado correspondía al organista José Gil, música no localizada actualmente.

Matías Navarro murió después de haber ocupado su cargo en la catedral de Orihuela durante más de 30 años. El 27 de abril del mismo año el cabildo acordó gratificar con 100 libras a su hermano, Luis Navarro, músico de bajón de esa iglesia, por haber cedido a la catedral 'diferentes primorosos papeles de música nueva, trabajada por el Licenciado Matías Navarro, Maestro de Capilla, su hermano'.

El archivo musical de la catedral de Orihuela conserva casi 400 composiciones de Matías Navarro, que constituyen sin duda la representación más numerosa entre la obra de los sucesivos maestros de capilla. Más de dos tercios de esta voluminosa colección son obras con texto castellano y, de entre éstas, la mayor parte son para una o dos voces solistas. Todos los textos son de carácter religioso, muchas veces entremezclando de una forma metafórica el sentido de lo humano y lo divino, y por lo general de una belleza más bien propia del siglo que le precede.

La relación entre el texto y la música denota la característica barroca que identifica a Matías Navarro, encontrando innumerables ejemplos en los que la música está en función del texto y evidenciándonos la influencia que en el villancico español de la primera mitad del siglo XVIII tuvo la música teatral. Por último, no podemos dejar de mencionar brevemente otro aspecto importante que confirma esta música como perteneciente a la más innovadora vanguardia de su época: el empleo desenvuelto de tonalidades como Do menor, La Mayor o Mi Mayor.